学校在荣昌校区设立“中共西南大学荣昌校区离退休委员会”“中共西南大学荣昌校区机关总支部委员会”“中共西南大学荣昌校区基础部总支部委员会”，均为副处级党组织建制，其中离退休党委书记兼任离退休工作办公室主任。荣昌校区党工委、管委会下设综合办公室、学生工作办公室、保卫工作办公室、离退休工作办公室四个副处级机构，学校在荣昌校区设立图书馆荣昌校区分馆、荣昌校区建设指挥部、荣昌校区实验教学中心。各办公室（分馆、指挥部）接受校区党工委、管委会以及学校相应职能部门（直属单位）的双重领导，业务工作以学校职能部门（直属单位）管理为主。

1.综合办公室

设主任1名，副主任3名。综合办公室接受校区党工委、管委会的领导和管理，同时接受学校有关职能部门的领导。

2.学生工作办公室

设主任1名，副主任2名。学校党委学生工作部副部长、学生工作处副处长兼任荣昌校区学生工作办公室主任，学生工作办公室接受校区党工委、管委会的领导和管理，同时接受学校学生职能部门的业务领导和管理。

3.保卫工作办公室

设主任1名，副主任2名。学校党委保卫部副部长、保卫处副处长兼任荣昌校区保卫工作办公室主任。保卫工作办公室接受校区党工委、管委会的领导和管理，同时接受学校党委保卫部、保卫处的业务领导和管理。

4.离退休工作办公室

设主任1名，由离退休党委书记兼任，副主任1名。离退休工作办公室接受校区党工委、管委会的领导和管理，同时接受学校离退休工作处的业务领导和管理。

5.学校图书馆荣昌校区分馆

学校图书馆副馆长兼任荣昌校区分馆馆长（不设机构）。荣昌校区图书馆分馆接受校区党工委、管委会的领导和管理，同时接受学校图书馆的业务领导和管理。

6.荣昌校区建设指挥部

设主任1名，由学校后勤保障部部长兼任，设副主任1名（副处级）。荣昌校区建设指挥部负责荣昌校区“提质扩容”建设，接受校区党工委的领导和监督，同时接受后勤保障部的业务领导和管理。

7.荣昌校区实验教学中心

设主任1名，副主任2名。荣昌校区实验教学中心是面向全校和社会开放的实验教学平台，为学校教学、科学研究、“双一流”学科建设和人才培养服务，并为社会提供技术咨询和测试服务。